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藻類植物的種類繁多，目前已知有3萬種左右。早期的植物學家多將藻類和菌類納入一個門，即藻菌植物門。隨著人們對藻類植物認識的不斷深入，特別是從巴暄（A．Pascher，1931）的平行進化學說發(fā)表以后，認為藻類不是一個自然分類群，并根據(jù)它們營養(yǎng)細胞中色素的成分和含量及其同化產(chǎn)物、運動細胞的鞭毛以及生殖方法等分為若干個獨立的門。對于分門的看法，也有很大的分歧，我國藻類學家多主張將藻類分為12個門。由于本書所采用的是五界系統(tǒng)，除已將藍藻門列入原核生物界外，現(xiàn)將其中9個主要門的特征簡介如下：
金藻門
　　多產(chǎn)于淡水中，特別是在水溫較低的軟水水體中尤為常見。植物體多為單細胞或群體，少數(shù)為多細胞絲狀體。運動細胞多具1—2條鞭毛。單細胞或群體的種類，細胞內(nèi)多具有1—2個色素體，以胡蘿卜素和葉黃素占優(yōu)勢，綠色色素只有葉綠素a一種，所以多呈金黃色或金褐色。同化產(chǎn)物主要是金藻多糖，或稱為金藻糖，金藻淀粉， 又因它具有和海帶糖相似的化學性質(zhì)，所以亦稱為金藻海帶糖。此外，也含有脂類。繁殖方式主要是營養(yǎng)繁殖和孢子生殖，有性生殖極少見。常見的有合尾藻屬和鐘罩藻屬。 　　色素體金褐色、黃褐色或黃綠色，同化產(chǎn)物為白糖素及脂肪，大多數(shù)運動的種類和繁殖細胞具鞭毛2條，1條或3條的很少，靜孢子的壁硅質(zhì)化，由2片構(gòu)成，頂端開一小孔。 　　1.多為單細胞或群體，少數(shù)為絲狀體，多數(shù)種類具鞭毛，能運動。鞭毛兩條，等長或不等長；一條或三條的很少。 　　2.細胞裸露或在表質(zhì)上具有硅質(zhì)化鱗片、小刺或囊殼。大多數(shù)種類為裸露的運動細胞，在保存液中會失去幾乎所有細胞特征。 　　3.色素除葉綠素a、c、b-胡蘿卜素和葉黃素等以外，還有副色素，這些副色素總稱為金藻素Pycockysin。金藻的色素體僅一個或二個，片狀，側(cè)生。貯存物質(zhì)為白糖素和油滴。白糖素呈光亮而不透明的球體，稱白糖體，常位于細胞后部。細胞核一個。液胞一個或兩個，位于鞭毛的基部。 　　4.單細胞種類的繁殖，常為細胞縱分成二個子細胞群體以群體斷裂成二個或更多的小片，每個段片長成一個新的群體，或以細胞從群體中脫離而發(fā)育成一新群體。不能運動的種類產(chǎn)生動孢子，有的可產(chǎn)生內(nèi)壁孢子（靜孢子）Statospore，這是金藻特有的生殖細胞，細胞球形或橢圓形，具二片硅質(zhì)的壁，頂端開一小孔，孔口有一明顯膠塞。
黃藻門
　　（Xanthophyta） 海產(chǎn)的種類很少，主要分布在淡水水體中，或生于潮濕的地面、樹干和墻壁上。在水溫較低的春季較多。植物體為單細胞、群體或多細胞體。所含的色素和同化產(chǎn)物與金藻門基本相同，但除葉綠素a外，尚含有葉綠素e，多呈黃綠色。運動細胞具有兩條長短不一和結(jié)構(gòu)不同的鞭毛，所以這一類群又稱為不等鞭毛藻類（Heterocontae）。繁殖方式有營養(yǎng)繁殖、孢子生殖和有性生殖，但隨種類的不同，也有不同的繁殖方法。肉眼常見的是植物體成絲狀的黃綠藻屬（Tribonema）和無隔藻屬（Vauchcria）。（在部分近期國外教材分類方案中將該門作為金藻門的一個綱）。 　　黃藻植物體為單細胞、群體、多核管狀體和絲狀體。 　　黃藻細胞大多數(shù)都具有細胞壁。單細胞和群體的個體細胞壁是兩個“凵”形半片套合組成的，絲狀體的細胞壁是兩個“H”形的半片套合而成?；瘜W成分主要是果膠質(zhì)，有些種的細胞壁內(nèi)沉積有二氧化硅。只有無隔藻屬（Vaucheria）和黃絲藻屬（Tribonema）的細胞壁是由纖維素組成。最簡單的黃藻是無壁的。細胞中載色體1至多數(shù)，盤狀、片狀或帶狀，邊位，呈淡綠色或黃綠色，從外觀顏色看很像綠藻。 　　載色體的亞顯微結(jié)構(gòu)和金藻相似，有4層膜包圍，外面兩層是載色體內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜，里邊兩層是載色體膜，外層載色體內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜與外層核膜相連。光合片層由3條類囊體疊成束。有些黃藻的載色體上有蛋白核。載色體中的色素有葉綠素a，β-胡蘿卜素，葉黃素主要是硅甲黃素（diadinoxanthin），沒有金藻和褐藻所含的墨角藻黃素，無隔藻屬還含有葉綠素c。貯藏食物主要是油和金藻昆布糖。細胞中的原生質(zhì)和金藻一樣，也是透明的。細胞核很小，多數(shù)單核，也有多核的。細胞是有絲分裂。運動細胞有兩根亞頂生、不等長的鞭毛，1根長的伸向前方，是茸鞭型的；另1根短的彎向后方，是尾鞭型，軸絲是9+2條。眼點位于細胞體前端，靠近短鞭毛基部的載色體膜里邊，由1層含β-胡蘿卜素的油滴構(gòu)成。
硅藻門
　　（Bacillariophyta）廣布于海水和淡水中，多行浮游生活。植物體由單細胞構(gòu)成或互相連接成群體。細胞壁由兩個瓣片套合而成，上面具有花紋，其成分含有果膠質(zhì)和硅質(zhì)，而不含纖維素。細胞內(nèi)具有一至數(shù)個金褐色的色素體。色素體中含有葉綠素a、c和多量的胡蘿卜素和葉黃素，光合產(chǎn)物主要是脂類。硅藻可借助細胞分裂進行營養(yǎng)繁殖，但經(jīng)數(shù)代后也能通過配子的接合或自配形成復大孢子，行有性生殖。）。（在部分近期國外分類方案中將該門作為金藻門的一個綱）。 　　硅藻是水生動物的食料。浮游硅藻是海洋中的主要的初級生產(chǎn)力。分類學家們一般認為硅藻來源于鞭毛藻，為一個特殊的分支。有現(xiàn)在生存的和化石的種類。根據(jù)殼面花紋的排列，將本門分為中心綱和羽紋綱。 　　同化產(chǎn)物為金藻昆布糖。細胞壁里有兩片硅質(zhì)殼，一大一小，像盒子一樣套在一起。兩片硅質(zhì)殼，大的套在外面，叫上殼，較老；小的在里面，叫下殼，較年輕。約11000種。硅藻普遍分布于淡水、海水中和濕土上，為魚類和無脊椎動物的食料。硅藻死后，遺留的細胞壁沉積成硅藻土，可作耐火、絕熱、填充、磨光等材料，又可供過濾糖汁等用。約11000種。大多水生，幾乎在所有的水體里都生長，只有極少數(shù)生活在陸地潮濕處。
甲藻門
　?。≒yrrophyta） 多產(chǎn)于海洋中，行浮游生活，有時在海岸線附近大量繁殖，形成赤潮， 有些種類也常在池塘、湖泊中大量出現(xiàn)。植物體多數(shù)是單細胞的，少數(shù)為群體或絲狀體。除少數(shù)種類裸露無壁外，多具有由纖維素構(gòu)成的細胞壁。甲藻的細胞壁稱為殼，是由許多具有花紋的甲片相連而成的。殼又分上殼和下殼兩部分，在這兩部分之間有一橫溝，與橫溝垂直的還有一條縱溝，在兩溝相遇之處生出橫、直不等長的兩條鞭毛。色素體1個或多個，呈黃綠色或棕黃色，除含葉綠素a、c外，還含有多量的胡蘿卜素和葉黃素。海產(chǎn)種類的光合產(chǎn)物多為脂類，淡水產(chǎn)的多為淀粉。繁殖方式主要是細胞分裂，或是在母細胞內(nèi)產(chǎn)生無性孢子，行孢子生殖，有性生殖只在少數(shù)屬、種中發(fā)現(xiàn)。常見的有角藻屬（Ceralium）（見圖）和多甲藻屬（Peridinium）。
褐藻門
　　（Phaeophyta）絕大多數(shù)為海產(chǎn)，營固著生活。在1，500多種褐藻中，產(chǎn)于淡水的僅有10種左右，其中有兩種是在我國四川的嘉陵江中發(fā)現(xiàn)的。植物體均由多細胞構(gòu)成，結(jié)構(gòu)也比較復雜。色素體中除含有葉綠素a、c外，胡蘿卜素和葉黃素的含量特別多，所以多呈褐色。同化產(chǎn)物不是淀粉，而是海帶多糖和甘露醇。營養(yǎng)細胞均無鞭毛，游動孢子和雄配子則具有兩條側(cè)生、不等長的鞭毛。繁殖的方式有多種，都能行有性生殖，在生活史中，多有明顯的世代交替。常見而且作為食用的有海帶（Laminaria japonica）和裙帶菜（Undaria pinnalifida）。
紅藻門
　?。≧hodophyta） 除少數(shù)屬、種外，絕大多數(shù)產(chǎn)于海水中，行固著生活。植物體除個別屬、種外，都是多細胞的，通常為絲狀、片狀或樹枝狀。色素體多呈紅色或紫紅色，其中除含有葉綠素、胡蘿卜素和葉黃素外，還含有大量的藻紅素和藻藍素。同化產(chǎn)物為近似淀粉的紅藻淀粉。紅藻在生活史中沒有具鞭毛的運動細胞。有性生殖均為卵式生殖。雌性生殖器官是與卵囊相似的果胞。果胞上具有叫做受精絲的毛狀體。受精后產(chǎn)生一種特殊的孢子，叫做果孢子。常見的有紫菜屬（Porphyra）和石花菜屬（Gelidium）。
裸藻門
　?。‥uglenophyta） 裸藻又稱眼蟲或眼蟲藻，多生于富含動物性有機質(zhì)的淡水中，營浮游生活。大量繁殖時，常使水呈綠色、黃褐色或紅色。除柄裸藻屬（Colacium）外，全為頂端生有鞭毛，能運動而無細胞壁的單細胞種類。在裸藻中，除少數(shù)種類無色，行異養(yǎng)生活外，多含有與綠藻相似的光合色素，但貯藏物質(zhì)主要是裸藻淀粉和少量的脂類。繁殖方式主要是細胞分裂，在不良的環(huán)境條件下，也能形成具有厚壁的孢囊，待環(huán)境條件好轉(zhuǎn)時，原生質(zhì)體即破壁而出，形成新個體。裸藻屬（Euglena）基本門中常見的屬。
綠藻門
　?。–hlorophyta） 多生于淡水中，海產(chǎn)的種類較少，營浮游、固著或附生生活，還有少數(shù)種類為寄生或共生。植物體有單細胞或群體的，也有多細胞的絲狀體或片狀體。色素體的形狀和數(shù)目也常隨種類而不同，所含的光合色素成分、含量以及同化產(chǎn)物均與高等植物相似。運動細胞多具有2條、4條或多條等長、頂生的鞭毛。有各種各樣的繁殖方式，有些種類在生活史中有世代交替現(xiàn)象。在綠藻中如植物體為單細胞的小球藻屬（Chlorella），群體的柵藻屬（Scenedesmus），多細胞成絲狀的水綿屬（Spirogyra）和剛毛藻屬（Cladophora）等都是淡水中常見的種類。
輪藻門
　?。–harophyta） 廣布于淡水或半咸水中，均營固著生活。植物體都是由多細胞構(gòu)成的，而且有類似根、莖、葉的分化，外形很象高等植物中的木賊和金魚藻。體外多被有大量鈣質(zhì)，所以又有石草之稱。光合色素成分及貯藏物都與綠藻相同，但生殖器官的結(jié)構(gòu)和生活史比較特殊。輪藻在生活史中，都不產(chǎn)生無性孢子，有性生殖均為卵式生殖。藏卵器外面有5個左旋的螺旋細胞包被著，頂端還具有由 5個或10個冠細胞構(gòu)成的冠。藏精器的外面是有由8個（罕4個）盾細胞鑲嵌而成的外壁，里面是由許多精子囊組成的精子囊絲體和一些不育的頭細胞組成的。實際上這種藏精器是由許多雄性生殖器官和不育細胞構(gòu)成的聚合體，所以也把它叫做精囊球，它的藏卵器又叫做卵囊球。輪藻的營養(yǎng)體和生殖器官雖然結(jié)構(gòu)很復雜，但在生活史中無世代交替，植物體都是單倍體，而且在受精卵萌發(fā)后，經(jīng)過原絲體階段才能發(fā)育為成體。我國常見的有輪藻屬（Chara），麗藻屬（Nitella）和鳥巢藻屬（Tolypella）。（某些教材分類方案中將該門作為綠藻門內(nèi)一個綱）。
藍藻門
　?。–yanophyta）廣布在淡水和海水中、潮濕和干旱的土壤和巖石上、樹干和樹葉以及溫泉、冰雪，甚至在鹽鹵池、巖石縫等處都可生存，有些還可穿入鈣質(zhì)巖石或鈣質(zhì)皮殼中(如穿鈣藻類)生活，具有極大的適應性。在熱帶、亞熱帶的中性或微堿性生境中生長特別旺盛。有許多種類是普生性的，如陸生的地木耳 (Nostoc commune)，不僅存在于熱帶、亞熱帶和溫帶，在寒帶甚至南極洲亦有發(fā)現(xiàn)。