關(guān)于454焦磷酸測序的原理問題
懸賞分：20|
測序過程到底是如何進(jìn)行的？我知道每有一個(gè)堿基匹配正確就會(huì)發(fā)出熒光，但我的問題如下：每個(gè)磁珠上的單克隆是同個(gè)目的基因的不同片段還是不同的目的基因，即該測序方法是能同時(shí)測序多個(gè)不同基因序列還是快速測出一個(gè)基因的序列？如果是將一個(gè)基因序列打斷到不同的磁珠里，那怎樣保證分別測序后各片段序列按照原基因序列順序重新整合？該方法是否可以控制一次只結(jié)合一個(gè)堿基（如果目的序列是AAA，在T核苷酸進(jìn)入時(shí)會(huì)不會(huì)一下合出3個(gè)連續(xù)堿基）？還有就是假設(shè)目的片段長為a，一個(gè)堿基進(jìn)入的時(shí)間為t，那么測量整段目的片段的用時(shí)是不是就應(yīng)該是4at？這真的很快嗎？希望強(qiáng)人幫忙解釋下，以上問題能答多少就答多少，不勝感激！
1，對(duì)高通量測序來說，如果是測基因組相當(dāng)于做鳥槍庫測序，而不是針對(duì)特定位置來測得。
2，無法保證。所以實(shí)際上每次測一個(gè)基因組，其實(shí)要獲得測至少6倍以上基因組大小的數(shù)據(jù)。通過過量的數(shù)據(jù)來拼接，最后再把仍然沒解決的gap用一代測序cover掉。
3，理論上，是這樣。一個(gè)接一個(gè)的進(jìn)入。
4，我忘記454是幾色螢光了。應(yīng)該是單色，還需加入洗滌同步的時(shí)間，要遠(yuǎn)大于4at。ngs快不是指并不是每個(gè)循環(huán)快，而是每次獲得的信息量大。ngs每次跑的時(shí)間要數(shù)倍于一代測序，但是獲得的信息量要千倍于一代測序。如果想要大量數(shù)據(jù)，自然是ngs快的多。說它價(jià)錢便宜也是同樣道理。
2，無法保證。所以實(shí)際上每次測一個(gè)基因組，其實(shí)要獲得測至少6倍以上基因組大小的數(shù)據(jù)。通過過量的數(shù)據(jù)來拼接，最后再把仍然沒解決的gap用一代測序cover掉。
3，理論上，是這樣。一個(gè)接一個(gè)的進(jìn)入。
4，我忘記454是幾色螢光了。應(yīng)該是單色，還需加入洗滌同步的時(shí)間，要遠(yuǎn)大于4at。ngs快不是指并不是每個(gè)循環(huán)快，而是每次獲得的信息量大。ngs每次跑的時(shí)間要數(shù)倍于一代測序，但是獲得的信息量要千倍于一代測序。如果想要大量數(shù)據(jù)，自然是ngs快的多。說它價(jià)錢便宜也是同樣道理。
好
不好其 他 回 答共2條
1樓
一個(gè)一個(gè)回答吧。
1、每個(gè)磁珠攜帶的是同一個(gè)片段，經(jīng)過乳液PCR過后，每個(gè)磁珠攜帶同一個(gè)片段的大量拷貝。但是LZ不要忘了，測序的時(shí)候是N多磁珠同時(shí)進(jìn)行，不同的磁珠會(huì)攜帶不同的片段，不然怎么能稱作高通量呢~
2、高通量測序結(jié)束之后都會(huì)進(jìn)行組裝，這涉及到生物信息學(xué)，這里頭的算法俺也不懂，但是肯定會(huì)重新組合，不然誰把DNA打斷建文庫就弄死誰···
3、LZ的問題說到了454的缺陷：連續(xù)的同一個(gè)堿基怎么測序。這個(gè)是缺陷，只能通過熒光的強(qiáng)度來辨認(rèn)，比如一個(gè)A和三個(gè)A的熒光強(qiáng)度就不同，不過這不好解決。
4、時(shí)間問題··額，這個(gè)LZ杞人憂天了，只能這么回答。
1、每個(gè)磁珠攜帶的是同一個(gè)片段，經(jīng)過乳液PCR過后，每個(gè)磁珠攜帶同一個(gè)片段的大量拷貝。但是LZ不要忘了，測序的時(shí)候是N多磁珠同時(shí)進(jìn)行，不同的磁珠會(huì)攜帶不同的片段，不然怎么能稱作高通量呢~
2、高通量測序結(jié)束之后都會(huì)進(jìn)行組裝，這涉及到生物信息學(xué)，這里頭的算法俺也不懂，但是肯定會(huì)重新組合，不然誰把DNA打斷建文庫就弄死誰···
3、LZ的問題說到了454的缺陷：連續(xù)的同一個(gè)堿基怎么測序。這個(gè)是缺陷，只能通過熒光的強(qiáng)度來辨認(rèn)，比如一個(gè)A和三個(gè)A的熒光強(qiáng)度就不同，不過這不好解決。
4、時(shí)間問題··額，這個(gè)LZ杞人憂天了，只能這么回答。
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